Matthias Schneider studierte in Münster, Essen und Basel Kirchenmusik, Musikwissenschaft, Kunst- und Kirchengeschichte (1984 A-Examen für Kirchenmusik, 1992 lic. phil., 1995 Promotion im Fach Musikwissenschaft) und besuchte zahlreiche Meisterkurse. Von 1984 bis 1993 wirkte er als Bezirkskantor in Schopfheim (Südbaden) und als wissenschaftlicher Assistent an der Universität Basel. Von 1989 bis 1995 leitete er eine Orgelklasse an der Hochschule für Kirchenmusik Heidelberg. Seit 1994 lehrt er an der Universität Greifswald, von 2006 bis 2010 leitete er dort als Dekan die Philosophische Fakultät; seit 2016 ist er Geschäftsführender Direktor des Instituts für Kirchenmusik und Musikwissenschaft.
Schneider gehört dem Vorstand der Internationalen Dieterich Buxtehude-Gesellschaft sowie dem Comitato scientifico der Fondazione Olga e Ugo Levi (Venedig) an. Er ist langjähriger Mitherausgeber der Fachzeitschrift Musik und Kirche, des Jahrbuchs für Liturgik und Hymnologie und seit zwei Jahren Herausgeber der Buxtehude-Studien.
