Im Jahr 1994 gründete Phillips zusammen mit ihrem Ehemann die English Organ School und ein zugehöriges Museum, das in einer ehemaligen Kapelle in Milborne Port, Somerset untergebracht ist. Hier findet sich eine Sammlung mit Instrumenten englischer Orgelbauer vom 18. Jahrhundert bis zur Gegenwart. Ziele dieser Einrichtung sind u. a. die Organistinnen- und Organistenausbildung, die Förderung der Wertschätzung dieses Musikinstrumentes und die Bewahrung eines bescheidenen Teils aus Großbritanniens Orgelerbe.
Im Jahr 2015 präsentierte Margaret Phillips das gesamte Orgelwerk Johann Sebastian Bachs in zwei „Marathon“-Konzertserien, die jeweils 18 Konzerte umfassten. Im Juni 2016 gastierte sie im Rahmen der Reihe Pull Out All Stops (Zieh aller Register) in der Royal Festival Hall (London). Dieses Konzert wurde von BBC Radio 3 übertragen. Außerdem gastierte sie zuletzt in mehreren skandinavischen Kirchen und war darüber hinaus sowohl in Westminster Abbey als auch St. Paul’s Cathedral zu hören.
Margaret Phillips gibt regelmäßig Meisterkurse und ist Jurymitglied bei verschiedenen internationalen Orgelwettbewerben. Ihre zahlreichen von der Presse gefeierten CD-Einspielungen umfassen die gesamten Orgelwerke von Bach, Mendelssohn, Saint-Saëns und Stanley. Mit Capriccio legte sie eine Einspielung zeitgenössischer Orgelliteratur vor.
